世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
盛（由石川裕一配音）是一名20岁的OL，有点沉迷于工作。有一天，在加班后，她意外地被带到了另一个世界，成为了那里的处女。除了圣人，还有其他人被运送过来。在感到被冷落之后，这位圣人决定暂时放弃她作为圣人的职责，跑出宫殿，开始过她喜欢的生活。
