故事终于进入了传说中的“圣地十二宫”！！！为了拯救女神雅典娜，星矢座和青铜圣斗士面对教皇率领的黄金圣斗士，双方上演了一场惊天大战！
银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
次日武藏和城太郎（樱井将纪 饰）、熊五郎（田中春男 饰）旅行来至乡下，师徒三人一面锄地耕作，一面教习农民武艺，抵抗土匪。 这期间阿通（八千草薰 饰）和朱实（冈田茉莉子 饰）先后来此寻找武藏，朱实更在匪乱中不幸丧命。一年后，小次郎成为细川家臣，岩流岛将成为他和武藏的命运转折点……
