隶属于宫廷阴阳寮的阴阳师们，作为平衡天、地、人、鬼间矛盾的存在，自此活跃在历史舞台上，其中最为耀眼的便是身世成谜的安倍晴明（野村万斋 饰）。右近卫中将源博雅（伊藤英明 饰）受托拜访安倍晴明，被所目睹的奇异景象及晴明的个人魅力深深折服；晴明亦被博雅正直的品德吸引。故事便从两人宿命相识，结下珍贵情谊开始。 宫廷内近来异事频发。左大臣藤原师辅之女诞下敦平亲王，婴儿降世却身负诅咒。晴明招来蜜虫（今井绘理子 饰）和神秘女子青音（小泉今日子 饰），与博雅一同化解恶咒，却反遭诬陷。原来一切皆是阴阳头道尊（真田广之 饰）所为。他利用左右大臣间矛盾与后妃间争宠频生事端，更欲召唤出150年前的最强怨灵早良亲王，将平安京彻底颠覆…… 影片根据梦枕貘《阴阳师》系列小说改编。
Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
