故事发生在美丽的志摩市。一天,在好奇心的驱使下,在一次交通事故中失去母亲的小男孩向泽头在岛上发现了一块闪闪发光的红色石头,上面有一个鸡蛋。就在他手里拿着它的时候,一只小乌龟从蛋里孵化了出来。
在这紧要关头,人类组成宇宙舰队远征火星,结果几乎全军覆没,侥幸逃回的大和号成为人类最后的希望。与此同时,一个神秘装置穿越万里银河坠落地球,经检测发现该装置竟然能消除放射性物质。为了从装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高智慧生物那里寻求帮助,人类决定孤注一掷,派遣大和号进行这次远征。火星之战中失去哥哥的原宇宙舰队成员古代进(木村拓哉 饰)应召归队,和一众好友成为了见证伟大历史时刻的一员。而得知人类动向的加米拉斯也发起了一波波的致命攻击…… 本片根据松本零士的同名原著改编。