在遥远的未来,一个说不定是被称作为地球也不一定的惑星,有一群全身机械化的武士们在那儿长期的战斗。当大地化为焦土,战争终告终结。人们再次耕种稻田,生产出不至于让生活有困难的数量的米。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后,小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中,他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”(基格尔德·核心)及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。