司波达也(中村悠一 配音)和妹妹司波深雪(早见沙织 配音)是魔法高校的新生,深雪是能力优秀的“花冠”,而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中,兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡(内山夕实 配音)、文静胆小的柴田美月(佐藤聪美 配音)、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特(寺岛拓笃 配音)、认真努力的吉田干比古(田丸笃志 配音),在学习的过程中,存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。
小新的失踪令美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)感到十分焦急,就在此时,一名代号肌肉(玄田哲章 配音)的男子出现在了两人的身边,很显然,肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉,但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索,美伢和广志得知小新身在香港,两人前往香港,在那里又遇见了肌肉,一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。
这一次,它聚焦于日本北海道地区发生的离奇事件。