故事发生在遥远的2020年，在与神秘生物“原生动物”的战争中，人类第一次体验到了彻底失败的滋味。土地被剥夺，权利被挤压，在残酷的独裁统治下，人类被迫过着压抑的生活，过着贫困的生活。然而，即便如此，强者仍然没有放弃反抗的机会。
这部电影改编自Hiromi Shamura写的同名漫画，告诉一个拥有不朽身体的独眼剑客遇到一个名叫林的女孩的故事，她的父母被剑客组织“刘一刀”杀害。他们充当她的保镖，帮助她寻求报复。传说恐怖的一百人将剑客斩首一万次。
这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。 而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言，而且可以用一种完全不同的交流手段交流。 但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略，世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS，那些DEUS的代理人，平时都潜伏在街道上，作为一般的市民生活，当发生了特殊事件后就接到指令，马上赶往事发地点，几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名，以代号互相称呼。 这到底是一个怎样的世界，为拯救这个世界而出现的红色巨人赛文X到底是谁，这就是贯穿全剧的最大的谜团 这故事的主人公仁，是DEUS的代理人。但是他丧失了自己以前所有的记忆。他为什么在这里？为什么被叫作“仁”这个代号？有自己到底是谁呢？ 但是他根本无暇考虑这个，他就被卷入了与外星人的战斗之中。那谜一样的女人艾丽亚给她的红色的眼镜的目的是什么呢？ 他最后能不能知道所有事情真相呢……
