故事发生在第25代德川幕府将军德川庆子统治下的日本。德川家族成立了武夫学院,并组织了学生会来对抗仍在顽强抵抗的丰臣派。Yoshimoto Tsushiro(平川大辅配音)是武英学院的高材生。当战斗进行到最激烈的时候,少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后,背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后,他成为了ZAFT的战士......