某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。
事实证明,世界分为两部分:“天界”和“地界”,而穆恩特来自天界的恶魔王国。长期以来,一股奇妙的力量维持着两个世界的平衡和运转。现在,这种力量正在逐渐枯竭,导致天堂王国陷入混乱。如果它继续这样下去,总有一天灾难会影响地球。做梦是唯一能拯救这一切的人。