在赢得了押注学校生存的大学选拔队的战斗后，大溪女子学院战车赛道的成员们终于能够享受一个平静而悠闲的冬天。欢迎三年级学生毕业典礼的到来，包括学生会的选举和新的执行部门的行动，学校开始发生一些细微的变化。一天，一场骚动袭击了女孩们。
美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。 开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
移植到金木体内的器官实际上起源于一个物种。康复后，金木发现自己的身体发生了奇怪的变化，一只眼睛出现了反应，他再也不能吃正常的人类食物了。让他感到恐惧的是，他开始觉得“人类”是满足自己食欲的对象。曾经只是一棵普通人的金树，走上了猎杀人类和吞噬尸体的道路吗？
