ERI独自住在他父亲Shozo的家里。作为一名幸运的护士，她决定去藤村诊所，有人打电话给她，她正在和昭三的影子交谈。大厅里没有人，脚下有一束鲜花。三雄，一所学校的校长，是一个了不起的成年人，ERI在工作时对他产生了严重的错觉。
在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
