Wille指示Akira(由Yuko Miyamura配音)和Shinri(由Masayama Sakamoto配音)夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji(由Keimei Ogata配音),但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意,跟随Ayanami(由Hyumi Lin配音)登上了突然入侵的9号航班,回到了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知,他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年,其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
而封刃师正是拥有看见这世间的污秽并将其封印的人,只是这行侠仗义背后的牺牲远比想象的更加无情……
这部作品是Ayapan和近藤毅创作的电子漫画的真人版。这是一个悬疑的爱情故事,讲述了一个好朋友的妹妹朱三好、她的妹妹左芳和一个男人的故事。