高中毕业后，北原一树（上田正一配音）顺利进入大学，即将开始全新的大学生活。为了上学，北原来到了一个海边的城市。与内陆城市完全不同的海洋气候让北原对未来的生活充满了向往和希望，同时也让他接触到了潜水这项有趣的运动。
村山新一（松山贤一饰演）从小就喜欢下棋，立志成为一名职业棋手。然而，在29岁的时候，他过早地去世了，他短暂而激动人心的一生将被浓缩成电影。
小智和皮卡丘以及他们的同伴在旅途中前进。有一天，宝可梦波尔克尼安从天而降，被迫和小智关在一起。Polkenyon和被人类伤害的宝可梦人住在一起，所以他非常讨厌人类，但这条神奇的链条让他们形影不离，精彩的故事从这里开始。
