而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
联合地球历192年，来自外太空的神秘生物入侵地球，它们大肆破坏，屠杀人类，地球变成一片火海，人类文明危在旦夕。 某天，外宇宙开发基地发现并拯救了一名从空中坠落的男子，从该男子口中，他们得知外星入侵者名叫“拉达姆”，但关于外星人的动机和该男子的来历却一概不知。不久后，人们发现这个男人竟拥有和入侵者对抗的强大实力，而他变身成为的宇宙骑士却和“拉达姆”的凶残战士们何其相似！ 代号狄波威（D-Boy）的神秘男子，他究竟是什么人？救世主？抑或终结者？
