在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩，而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察，没有任何动作，好像一切都已经写进了剧本。
约翰尼唯一掌握的线索是帕帕斯的推理：罪魁祸首很可能是一名冲浪者。为了尽快调查此案，约翰尼决定研究在海滩上冲浪以寻找线索。在这个过程中，约翰尼遇到了冲浪大师普蒂（帕特里克·斯威兹饰演）和泰勒（洛里·佩蒂饰演）。他被普蒂的智慧魅力和领导精神所吸引，爱上了冲浪这项令人兴奋的运动，并与一群冲浪爱好者建立了深厚的友谊。然而，在各种各样的相处细节中，约翰尼逐渐开始怀疑这些优秀的朋友就是他要寻找的神秘团伙
