夏天,东孚第一大学将举办一个合唱团音乐节。在课外合唱团训练中,高二A班的久必隆(神谷浩司配音)发现班上的尖子生佐藤聪(野岛贤二配音)没有开口唱歌。曹碧原本以为这样的尖子生不屑于合唱团活动,但那天放学后,他发现佐藤一个人在教室里练习。
小学六年级的Naotai和一个高中女生在一起真的很漂亮。Naotai哥哥的女朋友正在国外留学,正在河边共度时光。这本应是普通日子的延续,但最终以传说中的蜜蜂女孩静子驾驶电车与智泰相撞而告终。Naoto的头上长出了奇怪的角!而景子竟然成为了直太家族的仆人,进入了直太家。静子的秘密和她经常背诵的“FLCL”的含义给直藤的生活带来了巨大的变化。
故事发生在虚构的未来世界,彼时,人类因为疏忽和大意而失去了制海权,海洋,成为了人们可望而不可即的所在,盘踞在那里的,是一股名为“深海栖舰”的强大势力。