动画的故事舞台设定在现代的涩谷之中。主角织田龙平在小学时目击过憧憬的哥哥的神秘死亡现场。现在是高中生的他，早已摆脱了当时的恶梦。和平常一样练着拳击的某天晚上，他被奇怪的生物咬了一口，坠入了一个和平常不同的梦。
卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。
有名な高田の馬場の決闘、伯父の助太刀に向う中村安兵衛とすれ違った旗本丹下典膳は安兵衛の襷がほどけているのに気づき、注意しようと決闘の場に向う。しかし、相手が同門の知心流の武士であることを知り、その場を立ち去った。
