在这紧要关头,人类组成宇宙舰队远征火星,结果几乎全军覆没,侥幸逃回的大和号成为人类最后的希望。与此同时,一个神秘装置穿越万里银河坠落地球,经检测发现该装置竟然能消除放射性物质。为了从装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高智慧生物那里寻求帮助,人类决定孤注一掷,派遣大和号进行这次远征。火星之战中失去哥哥的原宇宙舰队成员古代进(木村拓哉 饰)应召归队,和一众好友成为了见证伟大历史时刻的一员。而得知人类动向的加米拉斯也发起了一波波的致命攻击…… 本片根据松本零士的同名原著改编。
幸存的人们建造了三堵巨大的防护墙,以防止巨人的入侵,并在这个与世隔绝的环境中享受了百年的和平。然而,作为“和平”的代价,人类已经失去了走出围墙的“自由”,像圈养的动物一样平静地生活。主人公艾伦·耶格尔对他尚未见过的外部世界感兴趣,但也渴望人类失去的“自由”。与大多数害怕巨人、盲目相信墙可以保护自己的安全并愿意在墙内生存的人类不同,他探索墙外世界的想法被认为是异端。十岁那年,当人们已经安逸了100年的时候,艾伦·耶格尔突然出现了一个前所未有的60米高的“超级巨人”,以压倒性的力量摧毁了城墙。之后它立即消失了,巨人们成群结队地冲进墙里捕食人类。