黑峰朝阳（花江夏树 配音）是一个平凡的男子高中生，唯一的特点就是他无法隐藏住任何一个秘密。朝阳默默的暗恋着班上一位名叫白神叶子（芹泽优 配音）的女生，让朝阳怎么也没有想到的是，白神叶子的真实身份竟然是一只吸血鬼，如果朝阳将这个秘密泄露出去，那么叶子很显然会遭到退学，他也就再也不能见到她了，为了自己喜欢的人，朝阳真的能够保守住她的秘密吗？ 性格一板一眼固执而又认真的蓝泽渚（水濑祈 配音）、魅力十足的紫紫户狮穗（内田彩 配音）、学园的校长红本茜（市道真央 配音），越来越多的秘密接二连三的浮出水面。
可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
