少女藤木美奈斗(堀北真希 饰)有一个无话不谈的笔友奈特(意为“骑士”),生活中发生的大小事她都与之倾诉。在士多店打工的美奈这天遇见了男生唐泽秀(石田卓也 饰)并一见钟情。
某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。
这是新时代骑士与人工智能的正面交锋。故事背景设定为迎来新时代的日本。引领人工智能潮流的公司——“飞电智能”,研发了一款AI机器人,并将其投入到实际运用中。它们完美融入了职场,把新时代朝着电子化的方向推进。