一次偶然中,七濑武在校园里遇见了一名昏倒在地上的少女,善良的七濑武将少女带到了保健室,得知她名叫相羽六(东山奈央 配音)。 让七濑武没有想到的是,他和相羽六的相遇彻底改变了自己的人生轨迹。相羽六在误打误撞之中将七濑武变为了魔法使。之后,七濑武的青梅竹马五十岛胡桃(濑户麻沙美 配音)、同班同学伊田一三(铃村健一 配音)和保健老师兵头七海等人纷纷拥有了能够使用魔法阵的能力。
主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的民间警备公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但,CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击,于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖,奥尔加·伊兹卡认为这是个机会,并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月,利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯,向敌军发起挑战。
1995年。一位名叫王梅的10岁女孩,由于一次意外事故,突然陷入了又长又深的睡眠。她的家人离散了,青梅竹马放弃了梦想,很快长大了,每个人都生活在一份孤独的“礼物”中。只有女孩的母亲(铃木邦美饰演)继续保护着她,坚信她的女儿会奇迹般地活下来。