高中女孩吉冈双叶(本田翼 饰)刻意让自己显得不修边幅,以避免成为其他女生攻击的对象,每天都不得不为此小心应付,殚精竭虑。某天,她意外重逢了曾在初中时代有过交集的男孩田中洸(东出昌大 饰)。为了报答自己的罪过,挽回失去的一切,兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后,一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。看到与蛋头博士的激烈战斗导致宇宙崩溃,刺猬索尼克必须迅速穿越平行时空,寻找失去的朋友,并共同努力拯救世界。