居住在东京下町父母双亡的四月一日家的三姐妹四月一日一花、二叶、三树。母亲在她们幼小时去世。父亲也在去年去世,姐妹三人居住在父亲留给她们的独立家屋中。
日本东北地区的某座深山里,国中生小町在一间祭拜熊的神社中,担任巫女的重责大任。有一天,小町对监护人,也就是名为那津的熊说:“我想去念都市的高中。”为了能够让不经世事的小町,拥有在都市中生活的基本能力,那津展开了一连串的试炼,要求小町通过考验。
曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。 地球圈失去了至今为止的统治机构,在新的支配体系下,新世界被构筑起来。一时的和平到来,与此同时,远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。