32岁时,一位名叫森泽美子(竹内惠子饰演)的空姐收到了人事调动通知,她很快将为新成立的樱桃航空公司工作。Cherry是一家以LCC(低成本航空)概念成立的航空公司。
在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
镰仓是临海的古都,是一个依山而建的小镇。在一个不起眼的角落里,住着向田家的四姐妹。早年,他们的父亲和爱人一起离家出走,而母亲则干脆把女儿交给祖母照顾。祖母去世后,孙女们继承了这座有着悠久历史的大房子。