在新的故事中，神秘动物学的组织“皇帝组织”将勇敢面对这只巨型怪物，强大的哥斯拉也将与门兹拉、拉顿及其死敌基多拉三王展开激烈对抗。当这些传说中的超级生物再次崛起时，他们将进行皇室斗争，人类的命运岌岌可危拥有毁灭世界能力的恶魔之王阿诺斯（铃木代友配音）因厌倦战斗、杀戮和被所有人恐惧而选择转世，并在两千年后抵达。令他没有想到的是，由于失去了妖王的威胁，魔法逐渐衰落，他的后代一个接一个地变成了无能为力的软人。
