Yoichiro（由Hino Free配音）和Miguel（由小野贤三配音）不愿向命运低头。为了抵抗，Yoichiro加入了日本帝国幽灵军，成为了月鬼集团的一员。在那里，Yoichiro遇到了特立独行的Shinshinoya（森佐佐助配音）、善良软弱的浅野洋一（冈本信彦配音）、温柔的俊月十方（石川杰人配音）和无忧无虑的三宫美也（井口由佳配音）。他们五人成了生死与共的战友。
谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
从某一天起，隆基不再是一个人，而额外的“同伴”实际上是在他浴缸里寄宿的美人鱼若卡（由梅原裕一郎配音）。悲观短视的北科新木（津田健二郎配音）、不请自来的水母三国（花江夏树配音）、聪明的章鱼鹰巢（铃木代友配音）、反复无常的鲨鱼阿哈里。自从龙出现后，这些奇怪的海洋生物也开始陆续出现在龙的生活中。在这个过程中，龙姬和若谦之间的关系似乎变得越来越亲密。
