在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
「話をしようと思う。俺と、美遊の……これまでの話を」 世界は滅びに向かって進んでいた。 その歩みを止められるのは、“聖杯”たる美遊の犠牲のみ。 世界か、美遊か——。
第四次忍界大战结束的两年后,此时此刻的漩涡鸣人(竹内顺子 配音)早已成为盖世英雄一般的人物,无论他走到哪里都受到女孩子和小朋友的喜爱与追捧,他似乎也有其享受这样喧嚣欢闹的氛围。