一夫和一美本是青梅竹馬的朋友，如今移居外地多年的一美回到故里成為轉校生，一段兩小無猜的感情眼看就要發生。只是神秘的事件讓一切都改變了，兩人正在發育的身體掉包，面對的身心困惑更是加倍。
令我惊讶的是，一个名叫神山纱也的女孩（加藤英美里配音）的出现扰乱了两姐妹的日常生活。索发现Sakuya似乎和雪娜很亲近。索错误地认为两者之间有联系，但克制了自己内心的失落。索决定避开雪娜，为他们创造一些私人空间。就这样，一向形影不离的姐妹们逐渐疏远了。在这个过程中，薛奈终于体会到了自己对玩耍的深厚感情。经过一番波折，他们终于向对方表达了自己的意愿，从此过上了幸福的生活。
涩谷的中心部跳跃到了300多年以后的“未来”。等在那里的是广袤无边的荒野与森林、散布各处的废墟……以及未来人“revisions”和他们所操纵的巨大机械怪物。 不明原因地遭到怪物蹂躏的涩谷，如同前来拯救它一般而现身的是，与绑架事件中大介的恩人同名且相貌一模一样的少女·米洛。她为大介等人提供了只有他们能够操纵的人形兵器“提线木偶”，并要求他们守护涩谷。 绑架事件的恩人——米洛的预言“守护同伴的命运”，深信着此事活下去的大介，为终将到访的危机以及获得的力量而欢喜。但，5名儿时好友的牵绊由于绑架事件的影响，而变得四分五裂。 孤立的城市。未知的敌人。未确定的过去与命运的预言。少年少女们，为了取回“现在”而与“未来”战斗。一定要回到原本的时代——
