幸存的人们建造了三堵巨大的防护墙，以防止巨人的入侵，并在这个与世隔绝的环境中享受了百年的和平。然而，作为“和平”的代价，人类已经失去了走出围墙的“自由”，像圈养的动物一样平静地生活。主人公艾伦·耶格尔对他尚未见过的外部世界感兴趣，但也渴望人类失去的“自由”。与大多数害怕巨人、盲目相信墙可以保护自己的安全并愿意在墙内生存的人类不同，他探索墙外世界的想法被认为是异端。十岁那年，当人们已经安逸了100年的时候，艾伦·耶格尔突然出现了一个前所未有的60米高的“超级巨人”，以压倒性的力量摧毁了城墙。之后它立即消失了，巨人们成群结队地冲进墙里捕食人类。
有人说他们是行侠仗义的正义伙伴，有人说他们是穷凶极恶的暴虐之徒，但真正见过他们身影的人却寥寥无几，有着黑社会背景的大小姐樱小路樱（日笠阳子 配音）正巧就是其中的一员。 法外制裁者的身份必须绝对保密，于是，对于樱的灭口行动展开了。没想到，樱也是超能力者，并且是能够将所有超能力都无效化的超级稀有品种。于是，樱和这些超能力者的特殊生活开始了。在解决事件的过程中，樱对于正义和法律的信念开始动摇，同时，她的神秘身世慢慢的浮出了水面。此外，她和法外制裁者之一的大神零（冈本信彦 配音）之间也产生了微妙的感情。
