但妄图灭绝人类的恐怖分子“灭亡迅雷站”黑了机器人的系统使之暴走。在这样的情况下，政府成立了专门针对AI犯罪的人工智能特务机关，来镇压暴走的AI机器人，维持治安。在一系列事件中，以成为搞笑艺人为目标的主角——飞电或人成了中心人物。在被炒鱿鱼的主人公面前出现了一辆无人驾驶的高档车，然后他突然间被告知，自己要继承飞电智能公司社长的宝座……
4月15日放映の「名探偵コナン 本庁の刑事恋物語～結婚前夜～」は、同日に封切られる劇場版最新作「名探偵コナン ハロウィンの花嫁」で活躍する高木渉、佐藤美和子にスポットが当てられたもの。最新作につながる2人の恋の遍歴が楽しめる。
