在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间,巨大的墙壁突然出现!故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分,并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。
扭动和转身,“八尺大师”,“月色车站”……作为一个真正的神话流传下来的危险存在于闹鬼的“内心世界”中。有一个世界与现实相邻,充满了神秘。纸月空鱼通过废弃房屋的门发现了“内心世界”,并在那里遇到了仁科鸟。这次遭遇改变了这条空鱼的生活。
艾伦驾驶巨人的力量重获人类自由,在西耶纳墙的斯托海斯地区与“女巨人”发生了对抗。巨人之间的激战被艾伦艰难地赢得了。即便如此,艾伦和人类还是没有时间休息。下一场战斗已经宣布开始。面对一大群巨人逼近玫瑰墙,人类将如何面对敌人!?