在空地上，小夫（肝付兼太 配音）向大家炫耀现在最畅销的神秘火车的车票，胖虎（立壁和也 配音）和静香（野村道子 配音）恳求小夫也带他们去。这时，大雄（小原乃梨子 配音）急匆匆跑了过来，哆啦A梦（大山信代 配音）已经三天没回家，小夫和胖虎在一旁幸灾乐祸的笑着。晚上，哆啦A梦回来了，原来这三天他跑到了22世纪去买银河列车的车票。第二天晚上，银河列车在后山停站了，大雄和哆啦A梦开始了他们的银河之旅，车长（伊仓一恵 配音）总是笑嘻嘻，很有礼貌。另一边，神秘的生命体降落在了后山，是来自宇宙的寄居物，寄居物将自己附在人类的身体上，来操纵人的大脑，他们的目的是将整个地球毁灭掉。 在车上奇奇怪怪的事情发生不断，大雄在车厢外看到了一个忍者，小夫说看见了海盗，胖虎则看见了恐龙。哆啦A梦告诉大雄他们出现了一伙“神秘黑色影团”。遭到黑色影团的袭击后，列车在一颗行星上停下了，而冒险这才刚刚开始……
剧情可以追溯到2006年，当时白宫发现总统的机密文件被黑客入侵，并召集了由莱昂领导的特工团队。然而，在搜索过程中，突然停电，并发生了僵尸袭击。
月臣学院高等部一年级的鸣海步（铃村健一 配音）拥有着极高的智商和缜密的推理能力，但即使是这样，小时候的他也一直都生活在哥哥鸣海清（井上和彦 配音）的阴影里。令他意想不到的是，两年前的某天，哥哥留下了“诅咒之子”的讯息后神秘失踪了。
