3000万年前,黑暗使世界陷入恐惧。最后,光明巨人将黑暗封印在遥远的宇宙中。光之巨人也用尽全力,在这颗红色星球上陷入了永恒的睡眠。时光飞逝,当地球和平联盟TPU紧急组建精英团体“GUTS-SELECT”时,主人公振中健吾正以植物学家的身份在新探索的火星上平静地生活着。但有一天,古印的黑暗又突然袭来,打破了生活的宁静。当火星的街道被怪物摧毁时,剑武在命运的指引下遇到了沉睡的光之巨人。这次遭遇会对他和地球产生什么影响?穿越时空觉醒的光之巨人被命名为Trija Ultraman。
故事发生在私立高藤学园的校园中,这一年,童年好友大岛祐树(中村悠一 配音)和住吉千里(中村绘里子 配音)共同升上了二年级。作为在校学生,课后的社团活动是校园生活必不可少的一部分,祐树和千里伙同同学木场冬美(水桥香织 配音)一同组织了“食品研究部”。说是研究部,其实不过就 是大家在一起分享美味的零食,但这简单的活动带给了女孩子们无比美好的课后时光。 不幸的是,研究部最大的敌人东云皐月(浅川悠 配音)发出了“解散没有实际成绩的社团”的宣言,而他本人很可能即将当选学生自治会的会长。为了保护心爱的社团,女孩子们决定以竞争对手的身份加入竞选,一场轰轰烈烈的社团保护战开始了。