万圣节前夕,东京的涩谷热闹非凡。涩谷HIKARIE大楼正在举行婚礼,穿着婚纱的是警察局的佐藤警官。当柯南和其他客人正在目睹婚礼时,一群暴民突然冲向佐藤!高木为了保护佐藤而受伤,但幸运的是他的生命得到了缓解。在世界的角落里,有着这样一种生物:它们下等且奇怪,不同于任何动植物,有自己的生命形态以及生存方式。自古以来为人类所敬畏,不知何时开始,被称为“虫”。“虫师”这个职业便应运而生,他们对虫进行研究,并接受人们的委托,解决由虫引起的奇异事件。