在一座由蒸汽驱动的城市中，一家三口展开了一天的生活。母亲去制造炮弹的工厂上班，父亲在炮台担任装填手，小儿子在学校里学习与大炮相关的知识。炮台不停开炮，但敌人的身影却始终没有出现……
2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
最近，学校成立了一个新的“From Education Department”，以培养配得上完美小姐的管家和女佣。日野秋原通过了考试，成为了校园里的一名新生。由于长相怪异，眼神凶狠，秋晴在校园里被视为局外人。让他没有想到的是，在这里，他意外地与儿时的玩伴富美彩晶（川口亚子配音）重聚。正是这个性格非常阴暗的天真女孩，给秋晴的童年记忆造成了不可磨灭的创伤。这次意外的重聚是否意味着秋晴的噩梦还会继续？
