21世纪初,人类在地球上留下了被哥斯拉蹂躏的大多数人,只使被选中的人能够乘坐星际移民船“阿拉姆”号前往他们可以移动的“约定地点”·τ星e。但这一计划失败了,人类不得不再次返回地球。
一代阴阳师玖峨晴嘉被人陷害,在临死前领悟到了自己所欠缺的东西并发动秘术转生的诅咒。他转生到了以四属性魔法为独立魔法体系的异世界,而这次的他绝不会重蹈覆辙。
故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界,武力的最高境界从使用利剑,转而到使用魔法,继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮,是个完全不会使用枪械,只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”,顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天,拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花,竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中,一场学园动作奇幻大作就此开始。