学习成绩优异的水谷雨（土屋泰丰饰演）性格冷漠，不愿意与周围的人交往。这一天，她被老师指派给一个很久没上学的男孩送作业。这名男孩名叫吉田纯（由神田直人饰演），在开学第一天因打架被停课。然而，在惩罚解除后，他很长一段时间没有来学校。
然后，是各式各样把迷惑与决意藏于胸口，前进开拓着未来的人们。把互相重合的中世纪世界作为舞台，学生们在学园国家间的抗争正式上演了！
2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。
