2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类登上星际迁徙飞船“阿拉姆”，前往11.9光年外的鲸鱼座τ星E的旅程。然而，人类花了20年时间到达的这颗行星与地球之间的环境差距远超预期，使其不适合人类生存。移民飞船上有一个叫庆雄的年轻人。4岁时，他目睹了自己的父母被哥斯拉杀死。20年来，他一直想回到地球，摧毁哥斯拉。移民的可能性已经消失，飞船内部的生活环境变得越来越恶劣。以Haruhiro为中心的“重返地球派”已经成为主流，他们决定通过危险的长途子空间航行重返地球。然而，经过2万年的进化，地球已经形成了以哥斯拉为顶点的生态系统，完全成为了一个未知的世界。人类最终能夺回地球吗？庆雄的命运会怎样？
日本东北地区的某座深山里，国中生小町在一间祭拜熊的神社中，担任巫女的重责大任。有一天，小町对监护人，也就是名为那津的熊说：“我想去念都市的高中。”为了能够让不经世事的小町，拥有在都市中生活的基本能力，那津展开了一连串的试炼，要求小町通过考验。
