许多年后，爱德华（山田龙之介饰）成长为这个国家最年轻的钢铁炼金术师。他和他的兄弟（水石屋飞梦配音）一起找到了哲学家的石头。与此同时，神秘的人造人Raster（松由康子饰）和Enwei（本真敏雄饰）徘徊在这个国家的角落。他们的规划者的可怕活动，天空有一段时间多云。。。这部电影是根据荒川宏的原创漫画改编的。
三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
