其实,水月一直暗暗的喜欢着孝之,在生日当天,她找到了正准备和凉宫遥约会的孝之,希望他能够送自己一枚戒指作为礼物。然而,当孝之告别水月来到约会地点时,等待着他的却是凉宫遥因车祸而陷入昏迷的噩耗。三年之后,凉宫遥从昏迷中苏醒了,可是她的记忆依旧停留在三年前出事的那一天,殊不知此时的孝之和水月早已经走到了一起。
在参拜母亲坟墓的回程中,真嗣(绪方惠美配音)和川上隆(宫村洋子配音)遭到了第七使徒的袭击。在关键时刻,第二架飞机被强大的力量击败,真嗣也遇到了第二架机器的操作员Shibo Akira Langley(由宫村洋子配音)。