开药店大山患有幻想症,更是个妻管严,他的朋友兽医浅田劝他散散心以排挤心中的郁闷。这个整日在老婆指使下抑郁寡欢活着的男人终于逮到了一个机会和浅田去银座狂欢.
无奈之下,他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘(由大谷幸雄配音)。皮卡丘,也被称为电老鼠,虽然外表可爱,但性格腼腆内向,与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠,暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前,神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗?小智能如愿成为神奇宝贝大师吗?
谁知道呢,当Nayehe回到商店时,他发现商店里有一个陌生人很忙。这是该店的招牌小姐雪萍一国(由肖杰木配音),同时她也是该店的候补继承人。一护对直哈的态度并不好,并不是因为她的回归会导致她的地位受损,而是因为她一直认为直哈离开家乡去东京是对她的商店和家庭的背叛。就这样,长野和一护开始一起生活和工作。