值此危急时刻,公安九课少校的草薙素子(坂本真绫 配音)率领队员巴特(松田健一郎 配音)、陀古萨(新垣樽助 配音)等人迅速展开行动,与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队,还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害,公安9课课长荒卷大辅(塾一久 配音)在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相,在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
正在此时,她结识了经常在楼顶高喊的龙太郎(永山绚斗 饰)。龙太郎是学校应援部的唯一成员,随着桃子的加入和努力宣传,应援部终于扩充到五个人,桃子更被推为第50代团长。然而这支临时组建的应援部没有任何基础,甚至还间接导致棒球部的失败。正当此时,应援部的老前辈——23代团长柳原源藏(内藤刚志 饰)找到他们,并将他们带往集训基地。经过一连串的魔鬼训练,应援部五人组终于出师,他们开始为了学校内的各类比赛呐喊加油……