在一个阳光明媚的日子里,柯南(高山南配音)、小兰(山崎和加奈配音)以及少年侦探队的朋友们在毛利小五郎(也由小山立配音)的陪同下前往大阪,参加当地举行的“高中生高岳杯”百人一和声比赛。
2048年,经过中央政府管理的人工智能筛选,一部分人类登上星际迁徙飞船“阿拉姆”,前往11.9光年外的鲸鱼座τ星E的旅程。然而,人类花了20年时间到达的这颗行星与地球之间的环境差距远超预期,使其不适合人类生存。移民飞船上有一个叫庆雄的年轻人。4岁时,他目睹了自己的父母被哥斯拉杀死。20年来,他一直想回到地球,摧毁哥斯拉。移民的可能性已经消失,飞船内部的生活环境变得越来越恶劣。以Haruhiro为中心的“重返地球派”已经成为主流,他们决定通过危险的长途子空间航行重返地球。然而,经过2万年的进化,地球已经形成了以哥斯拉为顶点的生态系统,完全成为了一个未知的世界。人类最终能夺回地球吗?庆雄的命运会怎样?
清流甘奈(由樱井雅子配音)是一名16岁的年轻高中生。有一天,甘奈收到了姐姐清流美佐(渡边敏美配音)的委托,在她经营的配音机构帮忙配音。甘奈来到公司后,才意识到自己不小心把偷船弄伤了。她即将配音的作品实际上是一款面向成年人的游戏。