为了解决此类案件，日本内政部直属单位公安9号，一支不存在的特种部队，在其上尉浅野素子的领导下，对邪恶势力发起了制裁。面对第九届公安，有在高度发达的技术下制造的案件，有权力和政治斗争中的阴谋，还有以笑脸人为代表的针对独立情结的犯罪。故事的第二季发生在笑脸人事件结束后。公安九班面临新的敌人，自称“个人11人”的反政府武装组织开始了一场精心策划的犯罪。其背后的战争难民问题进一步加剧了整个社会的矛盾。面对政府和犯罪分子带来的压力，浅野素子再次带领公安9班采取行动。
为了寻找自己命运的线索，埃克斯踏上了旅途。 身世神秘的调音巫女蕾娜（上田丽奈 配音）、好爽奔放的强壮青年塔奥（江口拓也 配音）、我行我素不拘小节的少女诗音（久保田未梦 配音），一路上，埃克斯遇到了很多拥有异常生命之书的旅伴们，在结伴而行的过程中结下了深厚的友谊。
