如月龙司（下野纮 配音）只是一介普通高中生，没想到表姐七尾英理子（野上尤加奈 配音）从国外带回来的一个神秘木箱彻底颠覆了他平凡的命运。在木箱中的，躺着一个叫萝丝（钉宫理惠 配音）的金发少女。
在不久的将来，东京将成立两个主要组织来夺取“最强武器”：旨在开发最强武器的制导重工业和操纵遗传因素创造优秀人类的NSWF。他们的共同目标是获得终极武器“WITCHBLADE”，该武器拥有最强的力量，只能由选定的女性操纵。地震发生六年后。。。
故事发生在一个叫“蒲岛”的偏远小岛上。尽管风景如画，那里的人简单自由，但世代居住在那里的土著人受到过去事件和古老繁文缛节的限制。随着时间的推移，看不到未来希望的居民开始自暴自弃。
