这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚 过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭 但人，神，魔三族共同战斗 作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来 接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半 二千年以后，世界始终和平安宁 不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它 某一天 一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙 世界的均衡渐渐被打破 当巴哈姆特再次发出吼声之时 世界再次落入绝望的深渊 世界啊，毁灭吧！ 某个声音如此肯求着
天之川学园高中来了一位理飞机头并穿短袍的奇怪转校生，他的名字是如月弦太朗，有着“和全校同学成为朋友”的远大目标。初到校的弦太朗结识了神秘少年歌星贤吾，并再次遇见青梅竹马城岛有希。 同一时刻，校园里出现了Zodiarts怪人。
艾伦驾驶巨人的力量重获人类自由，在西耶纳墙的斯托海斯地区与“女巨人”发生了对抗。巨人之间的激战被艾伦艰难地赢得了。即便如此，艾伦和人类还是没有时间休息。下一场战斗已经宣布开始。面对一大群巨人逼近玫瑰墙，人类将如何面对敌人！？
