在《Fairy gone》世界中,有着能将妖精作为兵器所操使的“妖精兵”存在。而在故事中,距离战争9年后那不稳定的政局,因战争受到伤害展开复仇的恐怖份子因此出现。日本的某座城里发生连环抢劫案,但警方在犯罪现场却找不到任何蛛丝马迹。平凡生活着的水野为了帮助佐野博士进行人体实验而变成气体异形,后来水野为了家族衰落的爱人藤谷而多次犯下可怕的罪行…导致最后造成悲剧。