为了应对日益复杂的恐怖行动，日本警方成立了“第三S”——警察厅特别紧急搜查队，独立于特别紧急部队和特别搜查队。NPS以逮捕嫌疑人为立足点，同时最大限度地平息骚乱和确保嫌疑人的安全。幕府时代末期，外忧外患，山川动荡。人民的生活很艰难，他们的生命不断受到威胁。年轻的心太被他善良纯洁的心所打动，成为了飞天剑流的大师。他被他招募来学习剑术，并改名为剑心。
