正在享受短暂假期的浅野素子少校(坂本正也配音)突然接到蝙蝠(松田贤一郎配音)的报告,称西部一栋建筑遭到恐怖分子袭击,政府官员和商业巨头被杀。在旭川的指挥下,石川、波马、帕斯、巴特和九堂课的其他人共同努力,彻底制服了恐怖分子。
由于长距离子空间导航造成的时间和空间扭曲,导致人类返回的地方在20000年后变成了“地球””。在这个地球上,主人公庆南等人在被哥斯拉攻击的同时,与埃切弗族和比尔沙尔德族的外星人一起,实施了20年的“对抗哥斯拉的战术”,并通过一场致命的战斗成功击败了哥斯拉。但喜悦并没有持续太久。真正的哥斯拉“哥斯拉地球“隐藏在地下深处的东西出现了。在长达2万年的持续生长和生存过程中,青南和其他人在哥斯拉压倒性的破坏力面前分崩离析,哥斯拉进化成了这种姿态。拯救青南的人被认为是人类的残余,即米亚纳的富图阿人。富图阿是他们在地球上遇到的第一个人类。他们会是人类的后代吗。“福图亚之神也被哥斯拉打败了,现在只剩下鸡蛋了。挑战者和抗议者都被火焰吞噬了,消失了。”面对他们,庆南回答说,“这是用人手夺回地球的最后机会。”,注意到Fortuya使用的箭头是由“对金属体和纳米的自律思考”制成的,他很高兴。这是由与“机械哥斯拉”相同的材料组成的,他们在21世纪在富士山脚下开发了“对抗哥斯拉的决定性武器”,并在启动前被摧毁。这恰恰证明了当时的开发设备在今天仍然存在。