在这紧要关头，人类组成宇宙舰队远征火星，结果几乎全军覆没，侥幸逃回的大和号成为人类最后的希望。与此同时，一个神秘装置穿越万里银河坠落地球，经检测发现该装置竟然能消除放射性物质。为了从装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高智慧生物那里寻求帮助，人类决定孤注一掷，派遣大和号进行这次远征。火星之战中失去哥哥的原宇宙舰队成员古代进（木村拓哉 饰）应召归队，和一众好友成为了见证伟大历史时刻的一员。而得知人类动向的加米拉斯也发起了一波波的致命攻击…… 本片根据松本零士的同名原著改编。
故事的舞台设定在未来的日本，为了解决少子化的问题，政府禁止了自由恋爱，改为由政府全面接管的状态。每一个青少年长到16岁，便会由政府分配一名伴侣作为恋爱的对象，这是经过了精密的计算所匹配出的最佳人选。
近未来，各种恶性犯罪日益增长，为了应对这一现状，新的司法系统“序审裁判”得到推广。该系统允许辩护律师和检察官当庭辩论，并在三日之内迅速得到审判结果。
